来宾市委党校原设13个科室，包括办公室、政工科、行政科、教务科、科研科、图书馆、保卫科、政治经济学教研室、哲学教研室、科学社会主义教研室、党史教研室、党建教研室、中文教研室。2001年2月，针对机构设置太多、职能过于分散、不利于教学和行政管理的情况，为了提高工作效率，增强服务职能，对原有科室进行了重组，并进行了科室领导和科员的“双向选择”。2002年 12月进行第二次“双向选择”，对校内机构部分调整。2003年12月，针对来宾市成立后对党校工作提出的更高要求，市委党校对内部机构进行了调整，内部机构共设办公室、教务科、社会培训科科研信息科、行政科、马克思主义基础理论教研室、经济学教研室、公共管理教研室、综合学科教研室、后勤服务部等十个科室。2005年1月，针对原兴宾区委党校上划后市委党校工作职责的变化，结合第三次科室人员双向选择工作的进行，对内部机构进行了部分调整。除了保持原有十个科室外，增设人事科和基建办两个科室。各科室主要职能如下：